Ngoài các đặc điểm thể hiện sự khác biệt cơ bản giữa HSTTN và HSTNN đề cập ở trên, các nhà khoa học thuộc SUAN (Mạng lưới nghiên cứu HSTNN các trường đại học đông Nam Á) khi phân tích HSTNN đã đưa ra 6 đặc tính cơ bản của HSTNN. Trong đó tính năng suất và tính bền vững được chú ý nhiều nhất (xem hình 1-9); tính ổn định, tính tự trị, tính công bằng và tính hợp tác cũng là những đặc tính được nhiều người quan tâm (Marten và Rambo, 1988). Hai đặc tính khác thường được đề cập gián tiếp là tính đa dạng và tính thích nghi.
Hình 1-9. Các tính chất của hệ sinh thái nông nghiệp (Conway, 1985)
Năng suất: Là sản lượng thực của hàng hoá và các dịch vụ của hệ, như số kg thóc/ha/vụ. Một định nghĩa chính thống khác về năng suất là giá trị thực của sản phẩm trên một đơn vị đầu tư. Thông thường nó được đánh giá bằng sản lượng năm, thực thu, số dư tổng số (gross margin). Trong quan niệm của người nông dân, sự khác biệt quan trọng là năng suất trên đơn vị diện tích đối nghịch với năng suất trên đơn vị lao động. Nói chung cần có sự cân nhắc, tính toán giữa việc đạt được năng suất cao trên đơn vị diện tích và năng suất cao trên
giờ công lao động.
Ổn định: Là mức độ duy trì của năng suất trong điều kiện có những dao động nhỏ và bình thường của môi trường. đặc tính này có thể đánh giá thông qua hệ số nghịch đảo của biến thiên năng suất. Tức là năng suất của hệ được duy trì dù có những dao động với cường độ nhỏ; mức độ biến thiên nhỏ cho thấy tính ổn định cao và ngược lại.
Bền vững: Là khả năng duy trì năng suất của hệ khi phải chịu những sức ép (stress) hay những cú sốc (shock). Stress là những sức ép thường lệ, đôi khi liên tục và tích luỹ, nó thường nhỏ và có thể dự báo trước; ví dụ như quá trình mặn hoá tăng lên, sự suy giảm độ phì nhiêu của đất, thiếu các giống chống chịu và công nợ của người dân. Ngược lại, shock là những sức ép bất thường, tương đối lớn và khó dự đoán trước; ví dụ như hạn hán và lũ lụt bất thường, sự phát dịch của một loài sâu bệnh mới hoặc một chính biến quan trọng. Tính chống chịu cũng được xem xét như khả năng duy trì năng suất trong một khoảng thời gian kéo dài. đáng tiếc là sự đo đếm, đánh giá đặc tính này rất khó và thường chỉ được tiến hành bằng cách so sánh với quá khứ. Thiếu tính chống chịu cũng có thể biểu hiện qua việc giảm năng suất, nhưng thường đến đột ngột, không dự báo trước được.
Tự trị: Là mức độ độc lập của hệ đối với các hệ khác để tồn tại. Tính tự trị được xác định như là phạm vi mà hệ có thể hoạt động được ở mức độ bình thường, chỉ sử dụng những nguồn tài nguyên duy nhất mà qua đó hệ thực hiện sự điều khiển có hiệu quả. Tính tự trị đầu tiên đưa ra như một đặc tính xã hội, sau đó được mở rộng cho hệ sinh thái. Rừng mưa nhiệt đới với chu trình dinh dưỡng gần như khép kín, là một hệ sinh thái có tính tự trị cao; đầm lầy vùng cửa sông ven biển phụ thuộc nhiều vào các dòng dinh dưỡng đổ đến từ các hệ khác, là hệ có tính tự trị thấp. Các HSTNN luôn luôn cần các nguồn dinh dưỡng và năng lượng bổ sung từ bên ngoài vào, nên tính tự trị không cao.
Công bằng: Là sự đánh giá xem các sản phẩm của HSTNN được phân phối như thế nào giữa những người được hưởng lợi. Tính công bằng có thể được đánh giá bằng phân phối thống kê, hệ số Gini hay đường cong Lorentz.
d) Hợp tác: được xác định như là khả năng đưa ra các quy định về quản lí HSTNN của hệ xã hội và khả năng thực hiện những quy định đó. Tính hợp tác thể hiện tương quan nhiều chiều, trong đó các cộng đồng đều có tính hợp tác cao trong một số hoạt động phù hợp với lợi ích chung của cộng đồng (như làm hệ thống thuỷ lợi). Nhìn chung tính hợp tác được duy trì thông qua các tổ chức chính thức như hợp tác xã hoặc thông qua nguyên tắc tín ngưỡng và tập quán địa phương. Các tổ chức, tập quán và nguyên tắc đó thường mang tính lí tưởng hoá hơn là tính khả thi.
Hai đặc tính khác ngày càng được quan tâm là tính đa dạng và tính thích nghi. đa dạng là số lượng các loài hay giống khác nhau trong thành phần của hệ. Nhiều nhà Sinh thái học cho rằng tính đa dạng cao góp phần vào tạo ra tính ổn định cao của hệ sinh thái, nhưng hiện nay quan niệm này đang bị nghi ngờ. Tuy nhiên, trên quan điểm quản lí tài nguyên, tính đa dạng là một chỉ tiêu quan trọng, cho phép hạn chế rủi ro cho người nông dân và duy trì được chế độ tự túc ở mức tối thiểu khi nhiều hoạt động của họ bị thất bại. Tính thích nghi liên quan tới khả năng phản ứng của hệ với những thay đổi môi trường nhằm đảm bảo sự tồn tại liên tục cho hệ. Hiển nhiên nó có liên quan chặt chẽ với các khái niệm về tính ổn định và tính chống chịu. Sự thích nghi đảm bảo cho HSTNN có khả năng phản ứng lại những nhiễu loạn bằng cách giữ cho hệ hoạt động và cho năng suất ở mức chấp nhận được. Tuy nhiên, tính thích nghi không đồng nhất với tính chống chịu. Một hệ có tính chống chịu cao trong một môi trường ổn định, nhưng lại thiếu khả năng biến đổi. điều này khiến cho tính đa dạng là một yếu tố quan trọng trong tính thích nghi; tính đa dạng cung cấp một biên độ lựa chọn lớn để thay đổi cho phù hợp khi cần thiết.
Conway (1985) và Trần đức Viên (1998) cho rằng các HSTNN thường không đạt được mức độ cao ở mọi đặc tính, gắng đạt tối đa các đặc tính này thì lại kéo theo mức độ thấp hơn ở đặc tính kia. Các đặc tính của HSTNN được quyết định bởi điều kiện hình thành và có thể thay đổi hệ sinh thái bằng cách thay đổi các điều kiện môi trường, nghĩa là có thể tạo điều kiện sinh thái theo mong muốn của con người (Bảng 1-1; 1-2).