Thuế quan có thể phân chia thành thuế quan bảo hộ và thuế quan tài chính. Sự khác biệt giữa hai loại thuế này là do mục đích đánh thuế của chúng. Mục đích của thuế quan bảo bộ là bảo hộ các ngành công nghiệp, nông nghiệp, và lao động của nước mình chống lại các đối thủ cạnh tranh nước ngoài bằng cách không cho hàng nước ngoài vào nước mình. Ví dụ, các nước Nam Mỹ có thuế NK cao cản trở việc Nk ô tô nguyên chiếc.

Ngược lại, mục đích của thuế quan tài chính là tạo ra nguồn thu từ thuế cho chính phủ. So với thuế quan bảo hộ, thuế quan tài chính thương đối thấp. Khi ô tô của Mỹ và các nước khác được NK vào Mỹ mức thuế là 3%, ngược lại ô tô cyủa Mỹ XK sang Nhật phải chịu nhiều loại thuế NK. Nhật Bản áp dụng thuế hàng hoá 23% đối với ô tô NK và thuế 18,5% đối với linh kiện điều hoà nhiệt độ. Thậm chí chi phí chuyên chở cũng bị đánh thuế vùi Nhật Bản cho rằng chi phí chuyên trở làm tăng giá trị của ô tô. Ngoài đánh thế vào trọng lượng của phương tiện còn có mức thuế 3% giá gốc, nếu phương tiện được sử dụng để kinh doanh, 5% nếu là do tư nhân mua, và một mức thuế hàng năm đối với người sở hữu tuỳ theo cỡ của động cơ.

Kết quả là một chiếc ô tô của Mỹ bán ở Nhật có thể đắt gấp đôi so với ở Mỹ. Thuế của Mỹ là thuế quan tài chính trong khi thuế của Nhật mang tính chất thuế quan bảo hộ nhiều hơn.