Người ta nhận thấy có thể có 3 mối quan hệ khác nhau đối với từng loại vi sinh vật. Có những loại vi sinh vật không cần đòi hỏi cung cấp bất kỳ một loại acid amine nào. Chúng có khả năng tổng hợp ra toàn bộ những acid amine mà chúng cần từ những nguồn nitơ vô cơ hay hữu cơ chuyển thành dạng NH3  để xây dựng cơ thể. Người ta gọi nhóm vi sinh vật này là tự dưỡng amine. Có những vi sinh vật bắt buộc phải cung cấp thêm một số acid amine trong quá trình sống mà chúng không có khả năng tổng hợp được gọi chúng là vi sinh vật dị dưỡng acid amine, loại này chúng tổng hợp protein và nguyên sinh chất của mình từ những acid amine có sẵn, acid amine được sử dụng làm nguyên liệu trực tiếp không bị phân giải thành NH3. Protein là hợp chất cao phân tử chúng không thể xâm nhập vào tế bào vi sinh vật. Vì vậy chỉ có những vi sinh vật tiết vào môi trường men protease thủy phân protein thành peptid và acid amine thì nó mới có khả năng đồng hóa được protein . Rất nhiều vi sinh vật có được khả năng này, đặc biệt là các vi sinh vật gây thối yếm khí. Loại thứ ba là vi sinh vật không có các acid amine trong môi trường vẫn phát triển được, nhưng nếu có mặt của một số acid amine thì chúng phát triển tốt hơn.

Nhu cầu về các loại acid amine ở các loài vi sinh vật khác nhau là không giống nhau.

Để tìm hiểu mối quan hệ giữa acid amine của một chủng vi khuẩn nào đó, trước hết người ta cấy chúng lên môi trường dinh dưỡng có nguồn nitơ duy nhất là muối amon. Nếu chúng phát triển được, chứng tỏ chúng thuộc nhóm tự dưỡng amine. Nếu chúng không phát triển được và sau khi bổ sung dịch acid amine (thủy phân casein có trộn thêm tryptophan) lại phát triển tốt thì chúng thuộc nhóm dị dưỡng acid amine, nếu sau khi bổ sung acid amine mà vẫn không phát triển được thì phải xem xét đến các yếu tố, nguồn carbon, vitamine, pH,...

Muốn biết quan hệ của một chủng vi khuẩn nào đó với từng loại acid amine riêng bịêt, người ta sử dụng môi trường có chứa đầy đủ nguồn thức ăn carbon, khoáng, vitamine (dạng hoá chất tinh khiết nhưng không chứa acid amine), lần lượt bổ sung từng loại acid amine vào môi trường và theo dõi sự phát triển của chúng đối với chúng vi sinh vật này. Cũng có thể đưa vào môi trường một hỗn dịch chứa đầy đủ các acid amine và các hỗn dịch đã loại bỏ một cách phân biệt từng acid amine một. Theo dõi sự phát triển của vi sinh vật, sẽ xác định được nhu cầu của chúng đối với từng loại acid amine.

Nhiều vi sinh vật có khả năng dùng một loại acid amine nào đó làm nguồn thức ăn nitơ duy nhất. Chúng sẽ phân giải amine này thành NH3 rồi sau đó tự tổng hợp nên các acid amine khác.

Có những chủng vi sinh vật biểu hiện mối quan hệ mật thiết giữa nồng độ một acid amine nào đó trong môi trường và sự phát triển của chúng. Người ta gọi chúng là những vi sinh vật chỉ thị, dùng trong việc định lượng acid amine.

Có thể dùng phương pháp gây đột biến để tạo ra các chủng vi sinh vật ''khuyết dưỡng'', tức là những chủng mất đi khả năng tự tổng hợp một chất nào đó, chúng trở nên mẫn cảm với sự có mặt với nồng độ của chất mà chúng cần (một acid amine, một viatmin,...). Phương pháp phân tích acid amine nhờ vi sinh vật ngày càng được sử dụng rộng rãi trên thế giới. Nó cho phép phát hiện những nồng độ acid amine rất thấp.